Las evidencias arqueológicas muestran que el Matlatlán citado en las fuentes se encontraba en el sitio ahora conocido como Rincón Brujo, al norte de la villa y al pie del cerro de La Mesita. Se conocen 3 teorías relativas al origen de su nombre.

Chichimecas y aztecas llamaban al lugar Matlatlán, palabra nahua compuesta por matlac “red” y tlan “lugar” y se traduce como “lugar de redes”. En tiempos prehispánicos existía una laguna en lo que hoy se conoce como La Ciénega, precisamente en Rincón Brujo, donde se practicaba la pesca y la caza de aves migratorias con redes, dando sentido al topónimo. La Ciénega se anegaba todavía hace unos 20 años. Este hecho parece además tener como principal línea de defensa un documento de Tepeyacac, fechado en 1580, donde tradujeron a Matlatlán como “el pueblo de las redes”.

Otra tradición oral de los habitantes indica que Matlatlán significa “pueblo quemado”. De acuerdo a la leyenda, cuando los chichimecas ocupaban la región fueron sometidos por los Aztecas. Después de algunos años de sometimiento, el cacique local se negó a pagar el tributo impuesto. Al saber esto Moctezuma, lleno de ira mandó a sus subalternos a quemar el poblado diciendo “Matlata” que quiere decir ¡Quemadlo! El testimonio más importante de ello es el Monolito I, la gran estela de piedra hallada en Rincón Brujo, en el cual se representa un guerrero con una especie de antorcha, una mujer arrodillada y un templo. Se dice que ésta escena recuerda el incendio del pueblo a manos de los aztecas por haberse negado a pagar el tributo. El monolito fue transportado al Museo de Antropología de Jalapa en 1961, pero la tradición aún se mantiene.

Finalmente, Gonzalo Aguirre Beltrán tradujo Matlatlán como “en el azul cobalto”, derivándolo de una flor azul llamada antiguamente matlaxóchilt y en la actualidad matlala; ésta teoría, que es la más débil, pretende sustentarse mediante un documento de origen indígena, donde Matlatlán está representado con una flor encima del símbolo de altépetl.

En el año 1519, llegaron los primeros españoles al Valle de Orizaba y sus alrededores y como no podían pronunciar la palabra “Matlatlán” decían Maltrata de donde proviene su actual nombre.

En lo que respecta al municipio de Aquila, que colinda inmediatamente con Maltrata y con el cual comparte aspectos importantes de su arqueología e historia, y que también resultará beneficiado directamente con la construcción del camino de acceso a Maltrata, éste era conocido como Los Reyes Aquila en el Siglo XVI. Durante el Siglo XIX la cabecera municipal se llamó Santa María Aquila y a partir de 1932 sólo Aquila.

Este nombre es difícil de traducir; en documentos bautismales de la colonia, que se encuentran en el Archivo Parroquial de Maltrata, a veces se le llama “Aguila”, palabra del idioma español que se deriva del latín y se escribe precisamente como Aquila. En la misma fuente también le nombran “Aquilpan” que se puede traducir como “río de los quelites de agua”. Otra posibilidad es que se derive de la voz nahua “Tlaquilla” que significa “donde hay muchas cosas (paredes) encaladas o bruñidas”, lo que recuerda la abundancia de pisos y edificios cubiertos con estuco.